Reptilele sunt importante pentru că ele îndeplinesc un rol vital în rețeaua de produse alimentare, acționând ca polenizatori și dăunători. Reptilele sunt prădători unor animale și pradă altora, făcându-le o componentă critică în ecosistem .
Aligatorii americani sunt o specie importantă pentru că ei sapă "găuri de gator" în zonele în care locuiesc, care conțin singura apă disponibilă în timpul sezonului uscat din Everglades. Aceste pete mici de apă servesc drept refugiu pentru alte animale acvatice și o sursă de apă pentru plante, păsări și animale. O reptilă strâns legată, crocodilul, este considerată o specie de piatră de temelie deoarece este foarte influentă în habitat.
În afară de a fi critici la rețelele alimentare ale multor ecosisteme diferite, reptilele pot îndeplini, de asemenea, multe alte roluri importante. De exemplu, unii reptile au rolul de polenizatori. Gecko-ul cu coada albastră polenizează o specie rară de plante situată pe Mauritius. Ca singurul polenizator, gecko-ul este esențial pentru supraviețuirea plantei. Reptilele servesc, de asemenea, pentru a menține sub control speciile dăunătoare și rozătoarele, care beneficiază comunitățile agricole în care dăunătorii pot distruge culturile.
Deși reptilele reprezintă o parte pozitivă a ecosistemului, supraviețuirea lor este amenințată de oameni, de pierderea habitatelor și de schimbările climatice. Adesea, reptilele sunt puse în pericol de speciile invazive care sunt introduse într-un mediu și preluate.
