Forma unei molecule este importantă deoarece este o caracteristică care deseori determină soarta unui compus în ceea ce privește interacțiunile moleculare. Metodele de farmacologie au observat, de asemenea, că determinarea formei moleculare este importantă în descoperirea de droguri, screening-ul și toxicologia predictivă.
Forma unei molecule determină modul în care se comportă în natură, iar formele moleculare sunt descrise prin utilizarea terminologiei geometrice. Însuși natura unei molecule depinde atât de forma, cât și de schimbarea electronică a legăturii. Forma unei molecule influențează proprietățile fizice și chimice ale elementelor implicate.Determinarea formei unei molecule este esențială pentru înțelegerea moleculelor în reacțiile chimice. Enzimele au capacitatea de a diferenția grupurile de molecule funcționale prin recunoașterea formei. Căile bio-sintetice care produc produse naturale utilizează recunoașterea formei pentru oxidarea selectivă.
Recunoașterea formei chimice joacă, de asemenea, un rol esențial în utilizarea celor cinci simțuri. Multe studii au susținut ideea că forma moleculară este importantă pentru activitatea biologică. Forma moleculară este utilă pentru descrierea individuală a moleculelor, precum și pentru natura interacțiunilor dintre molecule.
Metodele computaționale utilizate de farmacologia moleculară permit efectuarea de comparații rapide între molecule mici și molecule mici cu situsuri receptor proteic.