În 1845, Thoreau a construit o cabină mică în pădurea din apropierea lacului Walden. Locuia acolo aproape de izolare de peste doi ani. Cea mai mare parte a timpului petrecut a fost petrecut cu respectarea naturii, a scrisului și a lecturii. A fost perioada cea mai prolifică din viață pentru scriere. În timp ce în pădurile de la Walden, Thoreau a terminat prima sa carte publicată, "O săptămână în Concord și Râurile Merrimack", care a fost scrisă ca un tribut adus fratelui său mai mare, care a murit cu trei ani în urmă. Cele mai multe dintre celelalte cărți ale lui Thoreau, publicate atât în viața sa, cât și postum, au fost luate din jurnalul său, în care și-a scris activitățile detaliate, observațiile și gândurile sale. Aceste cărți includ capodopera sa, "Walden" sau "Viața în pădure".
De-a lungul timpului, Thoreau a devenit autor, naturalist și filosof foarte influent și respectat. El este bine cunoscut pentru filosofia sa transcendentalistă. Opera sa a continuat să provoace și să inspire chiar și după moartea sa din 1862.