Înainte de erupția din 1991, vulcanul a fost în mare parte inactiv de 500 de ani. La 16 iulie 1990, a avut loc un cutremur de magnitudine de 7.8, care a avut loc la 60 de mile de vulcanul care a deranjat crusta Pamantului sub Pinatubo. Deși acest cutremur a provocat cutremure mai mici și alunecări de teren în apropierea vulcanului, nu se părea că aceste evenimente au agitat vulcanul.
Prima magmă care a început să crească la suprafață în martie 1991 a pierdut cea mai mare parte a conținutului său de gaze pe drum. Deci, când a ajuns la suprafață, a scăzut ușor și a căzut pe pantele vulcanului. După explozia inițială, a existat mai multă magmă pe 15 iunie 1991, care a provocat explozii mai violente datorită faptului că avea un conținut de gaz mult mai mare.
Gazele din magmă se dizolvă în mod normal când sunt adânc sub suprafață. Cu toate acestea, aceste gaze, care au fost responsabile pentru erupție, s-au extins ca magma a crescut din cauza presiunii scăzute.
