Denumirea bacteriilor se face în conformitate cu sistemul binomial introdus de Carl Linnaeus. O bacterie are un nume de gen, care indică genul căruia îi aparține și un epitet de specie. Epitetele identifică unitățile subordonate dintr-un gen. Numele genului și epitetul speciilor formează împreună denumirea științifică, sau denumirea speciei, a bacteriei. Numele este format folosind cuvinte grecești sau latinizate.
"Codul internațional de nomenclatură a bacteriilor" este cartea care conține regulile internaționale stricte pentru denumirea de bacterii. Înainte de acceptarea numelui propus al unei specii de bacterii, normele impun publicarea unui document științific privind speciile și aprobarea lucrării de către un comitet internațional de taxonomie. Numele științific este întotdeauna scris în caractere cursive. Denumirea unui gen bacterian este adesea simplificată prin folosirea unor denumiri banale, care nu sunt scrise cu caractere italice sau cu o primă scrisoare de capital. Lactobacili, stafilococi, micobacterii, salmonella și streptococi sunt niște nume triviale. Nu folosiți niciodată numele trivial al unui gen complet pentru referirea la o specie bacteriană specifică. Este uneori esențială divizarea unei specii bacteriene în subspecii. Un epitet subspecific este folosit pentru introducerea unui subspeci. Epitetul este indicat prin scrierea ssp. sau subsp. în fața acestuia.
