Bacteriile și protozoarele sunt foarte îndepărtate, bacteriile fiind clasificate drept prokaryotes și protists ca eucariote. Aceasta înseamnă că protozoarele sunt mai strâns legate de oameni decât bacteriile. Cele două organisme sunt distincte din punct de vedere structural. Celulele bacteriene nu au un nucleu, iar protozoarele conțin organele, cum ar fi mitocondriile.
Bacteriile sunt în general mai mici decât protozoarele, care se hrănesc adesea cu bacterii. Toate protozoarele "mănâncă" prin învelirea pradă în buzunare mici numite vacuole, în timp ce bacteriile pot absorbi substanțele nutritive prin pereții celulelor lor. Bacteriile reproduc aproape întotdeauna prin fisiune binară simplă. În timp ce unele protozoare folosesc și această metodă, unele sunt împărțite în mai mult de două pui, iar unele reproduc sexual.
