Potrivit lui Jennifer Welsh pentru știința vie, amoebele sunt în general considerate a se reproduce asexutiv printr-un proces numit fisiune binară. Aceasta descrie actul atunci când nucleul unei celule este stimulat să se împartă într- o replică exactă în interiorul aceluiași perete celular, după care cele două nuclee se separă în propriile celule individuale, rezultând două amoeburi suverane, dar identice genetic.
Dave Mosher pentru Scientific American afirmă că oamenii de știință moderni au început recent să pună întrebări dacă amoebii sunt de fapt pur asexuali sau dacă oamenii de știință ai comportamentului reproductiv au studiat în trecut este doar rezultatul condițiilor controlate de laborator. Oamenii de știință cred că toată viața animalelor a izvorât din evoluția organismelor cu un singur celular, cum ar fi amoebii. Majoritatea animalelor reproduc sexual prin actul inseminării embrionare tradiționale masculine și feminine. Prin urmare, Mosher afirmă că la un moment dat în istoria evoluției vieții animalelor amoebii trebuie să fi început să se reproducă sexual. Comportamentul sexual între amoebe nu a fost observat niciodată. Dacă teoria este exactă, nu ar indica faptul că amoebii au fost reproduse în mod necesar cu ajutorul organelor sexuale tipice, ci ar determina oamenii de știință să redefinească ipotezele de bază despre comportamentele care ar putea defini actul de sex.Reproducerea asexuală este imediat avantajoasă, deoarece este rapidă, deoarece o amoeba poate să facă, în esență, o copie după sine; totuși, această formă de reproducere duce, în cele din urmă, la dispariție. Greșelile se acumulează în genom în timp; dacă fiecare individ din populație este o copie exactă a celorlalți, eventual toți devin contaminați cu mutații fatale. Reproducerea sexuală creează diversitate genetică, reducând posibilitatea mutațiilor dăunătoare în fiecare persoană. Amoebii sunt capabili să se reproducă în ambele sensuri, în funcție de variabilele de mediu.
