Aligatorii reproduc prin fertilizare internă, împerecherea noaptea și, eventual, stabilirea a 35-50 de ouă într-o groapă mică, care este apoi acoperită cu un cuib de vegetație decăzută. Aproximativ cinci ori mai multe femele sunt eclozate ca masculi după o incubare de 65 de zile, cu sexul puilor determinat mai degrabă de temperatură decât de diferențele genetice. Mama păstrează ouăle și le scutură în momentul în care încep eclozarea.
În ciuda protecției inițiale a părinților, aligatorii nu oferă hrană pentru tinerii lor și le abandonează rapid după ecloziune, iar aproximativ 80% se pierd de la predare foarte devreme în viața lor. Ele compensează acest lucru prin stabilirea unui număr mare de ouă relativ mici, astfel încât unii să supraviețuiască în ciuda pierderilor mari.Femelele se nasc mai mari decat masculii, desi masculii cresc in cele din urma. Există mult mai mulți aligatori de sex feminin decât bărbați și fiecare cuplu de sex masculin dominant cu cel mult 10 femele diferite pe teritoriul său. El atrage femelele cu zgomote și zgomote, dintre care multe sunt sub limitele auzului uman și fac tulburări evidente în apă.
Aligatorii sunt asemănători în multe privințe cu crocodilii strâns legați. Principalele diferențe sunt că aligatorii au mufele mai largi, iar numai dinții lor de sus sunt expuși când gura lor este închisă.
