Considerat a fi terapia pe bază de bacterii orale, prebioticele și probioticele reprezintă un mijloc ieftin de a restabili sănătatea intestinului urmând o colonoscopie, conform lui Gut Sense. Aceste suplimente pot fi luate în mod regulat sau pe o bază așa cum este necesar pentru a promova o digestie mai bună a alimentelor. În funcție de tipul de prebiotice și de probiotice utilizate, acestea pot fi luate cu sau fără masă.
În timp ce multe alimente precum iaurtul sunt publicate pentru a restabili regularitatea, în realitate, acestea nu sunt, potrivit lui Gut Sense. Pentru a menține termenul de valabilitate și calitatea acestor produse, cele mai multe produse disponibile comercial sunt supuse pasteurizării, care ucide bacteriile vii. În cazul iaurtului sau al altor alimente probiotice care nu sunt pasteurizate, o mare parte din bacteriile din ele sunt ucise în stomac, fără a ajunge niciodată în intestinul gros. Suplimentele sunt concepute să rămână inactive în stomac și să activeze în intestinul gros unde pot repopula intestinele cu bacterii sănătoase.