Diferența majoră dintre profaza I și profaza II este procesul de recombinare genetică care apare în timpul profazei I, dar nu se repetă în proza II. În timpul profazei I, perechile omoloage dublate se aliniază și se încrucișează peste, care este procesul prin care cromatidele schimbă informații genetice. Deoarece acest proces are loc în timpul profazei I, nu este nevoie să se repete în timpul profazei II.
Profazele I și II sunt primele etape ale procesului meiozei în două faze, diviziunea celulară responsabilă pentru producerea celulelor sexuale sau a gameților care generează variații genetice. Gamastele rezultate au fiecare jumătate din materialul genetic din celula mamă originală. Potrivit Prentice Hall, în timpul profazei I, două cromatide non-sora se aliniază pentru a forma o tetradă și schimbă informații genetice. Deoarece fiecare cromatid non-sora este dintr-o celula paterna si o celula materna, variatia genetica este creata deoarece fiecare celula traverseaza sau schimba informatia cu cealalta. Datorită duratei acestui proces, profaza I consumă 90% din timpul procesului meiozei în două părți; prin urmare, profaza I este considerabil mai lungă decât proza II.
În timpul profazei II, care apare în cea de-a doua fază a meiozei cunoscute sub numele de meiozei II, plicul nucleului se descompune și se formează aparatul cu arbore. Apoi, cromozomii încep să migreze în centrul celulei. Aceste procese apar, de asemenea, în timpul profazei I.
