Bacteriile obțin o energie prin ingerarea altor organisme și a unor compuși organici sau prin producerea hranei proprii. Bacteriile care produc propria lor hrană se numesc autotrofe. Bacteriile care trebuie să consume alte molecule organice pentru energie se numesc heterotrofe.
Există două tipuri generale de heterotrofe. Unele heterotrofe furnizează toate nevoile lor energetice prin dizolvarea și absorbția sau ingerarea altor organisme și se numesc heterotrofe chemotrofice. Spre deosebire de acestea, unele bacterii produc o parte din energia proprie prin valorificarea luminii solare, dar ajută la echilibrarea nevoilor lor energetice prin absorbția moleculelor organice.
Autotrofurile apar, de asemenea, în două tipuri primare. Există autotrofe chemotrofice, care absorb moleculele anorganice, cum ar fi sulfurile, și le transformă în energie, precum și autotrofele fototrofice care își produc propria energie prin absorbția razelor solare. În ansamblu, bacteriile își obțin energia într-o varietate de moduri, permițând un tip de bacterii să trăiască aproape oriunde.
Pe lângă aceste patru grupuri de bacterii care obțin energie în moduri diferite, bacteriile respiră și în diferite moduri. Multe organisme sunt aerobe și se bazează pe oxigen, la fel ca animalele. Alte bacterii sunt anaerobe, ceea ce înseamnă că trăiesc într-un mediu fără oxigen. Alte bacterii pot trăi în medii bogate în oxigen sau în oxigen. Aceste bacterii flexibile se numesc anaerobe facultative.
