Șopârle, la fel ca multe vertebrate, au plămâni și un sistem respirator care le permite să respire. Ele sunt diferite de mamifere și păsări prin faptul că nu au un mușchi de diafragmă și în loc să respire prin îndoirea muschilor corpului.
Deoarece au nevoie să-și folosească mușchii pentru a respira, șopârlele de obicei își țin respirația în timp ce fac o activitate intensă. Unele șopârle pot ocoli această limitare prin utilizarea muschilor gâtului pentru a trage aer în plămâni în timpul activității.
Nu toate reptilele folosesc respirație bazată pe mușchi corporali. Crocodilii și broaștele testoase au dezvoltat diferite metode de respirație. Crocodilii au o diafragmă care le permite să inhaleze aerul, în timp ce țestoasele, a căror expansiune pulmonară este limitată de cochiliile lor, au un strat muscular subțire care se află pe plămâni și se extinde și se contractează pentru a aduce aerul.
