Fenomenul de vreme cunoscut sub numele de El Niño este cauzat de slăbiciunea vânturilor comerciale din Oceanul Pacific. În mod normal, apa caldă este împinsă în Oceanul Pacific de Vest de vânturile comerciale, cauzând apariția de apă rece în Oceanul Pacific de Est. Vânturile slabe inhibă acest lucru, provocând un eveniment El Niño.
Vânturile puternice ale comerțului care ar determina în mod normal ca apa oceanică adâncă să se ridice de pe coasta Americii de Sud sunt slăbite în timpul unui eveniment El Niño. Cauza exactă a vânturilor comerciale slabe nu este cunoscută; totuși, oamenii de știință au observat o oscilație a temperaturilor de suprafață a apei din Oceanul Pacific, denumită Oscilația de Sud El Niño.
Zona Oceanului Pacific în jurul Indoneziei este deseori menționată de către oamenii de știință ca Pacific Warm Pool. În mod normal, apele mai calde din Pacificul Warm Pool sunt împinse spre vest de vânturile comerciale. El Niño este caracterizat în principal de slăbirea acestui fenomen.
Efectele El Niño pot fi resimțite în întreaga lume, însă afectează în primul rând America de Sud. El Niño are ca rezultat adesea precipitații, furtuni, distrugeri masive de pește și, în evenimentele extreme de El Niño, inundații masive. El Niño provoacă de asemenea schimbări de temperatură în modelele climatice regionale din întreaga lume. El Niño are loc în lunile decembrie, ianuarie și februarie.