Ecuațiile moleculare sunt ecuații chimice care arată reacțiile compușilor, indiferent dacă sunt ionice sau covalente, numai ca compuși și nu ca ioni disociați. Este o diferențiere semnificativă numai pentru reacțiile care implică compușii ionici deoarece compușii covalenți nu au ioni disociați. Celălalt tip de ecuație este o ecuație ionică, care arată ionii disociați cu încărcăturile lor respective.
Ecuațiile moleculare sunt relativ simple de scris, dar de multe ori denaturează de cele mai multe ori reacțiile pe care le simbolizează. Acest lucru se datorează faptului că aceste reacții se produc adesea în soluții apoase, unde numai câteva dintre componente reacționează efectiv. De exemplu, o ecuație moleculară a clorurii de calciu și a azotatului de argint arată crearea azotatului de calciu și a clorurii de argint. Acest lucru este greșit în două moduri. În primul rând, reactanții disponibili nu sunt clorura de calciu și azotatul de argint, ci ionii de calciu, clor, argint și nitrați pe deplin disociați. Mai mult, singurul compus compus este clorura de argint, care este un solid ionic care precipită din soluție. Ceilalți ioni, calciu și nitrat, nu reacționează și rămân în soluție. O ecuație ionică poate fi simplificată pentru a elimina complet aceste componente nereactive.
Formula moleculară poate fi valabilă și utilă ca ajutor conceptual sau poate servi ca un model mai precis dacă apa este îndepărtată după reacție prin fierbere sau prin altă metodă care lasă ionii dizolvați în urmă să se asocieze în compușii ionici .