Recombinarea somatică se referă la procesul care implică formarea genelor imunoglobinei prin recombinarea elementelor genetice germinale sau segmente ale genei imunoglobinei într-un singur loc. Acest proces are loc în țesutul limfoid primar, care este măduva osoasă pentru celulele B și Thymus pentru celulele T. Recombinarea somatică precede contactul cu antigenul și apare în timpul dezvoltării celulelor B în măduva osoasă.
La mamifere, segmentele genei imunoglobinei sunt aranjate în grupuri de exoni variabili (V), diversitate (D), îmbinând (J) și constanți (C). În limfocitele de vertebrate, recombinarea somatică aproape combină întâmplător segmentele de variabilă, diversă și de îmbinare. Alegerile aleatoare ale diferitelor gene au ca rezultat codificarea diferită a proteinelor, potrivirea antigenilor de la bacterii, paraziți, viruși, celule disfuncționale și polenuri.Un DH și un JH sunt splicate aleatoriu cu îndepărtarea ADN-ului care intervine (D-J joining). Aceasta este urmată de alunecarea aleatorie a segmentului VH către segmentul DJH rearanjat. Secvențele care intervin între VDJH și CH sunt transcrise în ARNm primar. În nucleul, îmbinarea ARNm primar produce un mesaj matur, care este tradus în lanțul H atunci când este transportat în citoplasmă. ADN uman pentru lanțul H are aproximativ 50 de segmente VH funcționale, 30 de segmente DH și șase segmente JH. Primele două CDR și trei FR din regiunea variabilă a lanțului greu sunt supuse codificării prin VH.
Formarea aleatorie a multor combinații variate de VJL și VDJH generează diversitate combinatorie. Pe de altă parte, îmbinarea imprecisă a segmentelor de gene și adăugarea de nucleotide la situsurile de îmbinare a secvenței ADN conduc la diversitatea joncțială.
