Principalele ingrediente din cerneala de marcator sunt apa si solventul de glicol. Aproximativ 5% din cerneală este pigment sau colorant fluorescent. Unele indicatoare conțin, de asemenea, o cantitate mică de biocide pentru a preveni creșterea fungilor și a bacteriilor.
Coloranții utilizați în stilouri galbene care evidențiază stilouri sunt pe bază de piren. Indicatoarele albastre conțin colorant trifenilmetan. Colorantul de trifenilmetan combinat cu piranina produce cerneală de evidențiere verde. Elementele de evidențiere roz conțin rodamină. Afișajele violet sunt făcute cu rodamină amestecată cu trifenilmetan. Xanthenul combinat cu cumarina produce cerneală accentuată purpuriu.
Moleculele chimice din cerneala evidențiază lumina ultravioletă. Aceasta "excită" electronii din interiorul moleculelor, care apoi eliberează o formă de undă puțin mai lungă a luminii. Această interacțiune dintre lumină și substanțe chimice este interpretată de ochi ca fluorescență.
