Poluarea râurilor provine dintr-o varietate de surse diferite, inclusiv exploatări agricole, evacuări industriale, stații de epurare a apelor pluviale și scurgere a apei pluviale care transportă poluanți în căile navigabile. provine dintr-o sursă unică, identificabilă și nonpoint, dacă poluarea este rezultatul scurgerii pe o arie largă. Deoarece râurile trag din mai multe surse, ele pot conține mulți poluanți diferiți.
Poluarea de la punctul-punct este cea mai ușoară tip de poluare a râurilor pentru corectare, deoarece poate fi urmărită la o singură sursă. O operațiune industrială poate duce la descărcarea accidentală a poluanților netratați într-un râu sau o inundație de la o stație de epurare a apelor uzate poate provoca scurgerea apelor uzate într-o cursă de apă. Aceste deversări pot fi masive și pot elibera cantități mari de poluanți într-o perioadă scurtă de timp, dar odată ce problema este corectată, râul se poate recupera.Poluarea non-sursă este mult mai dificil de rezolvat. Pe măsură ce ploaia sau apa de inundare curge peste pământ, ea preia orice contaminanți prezenți. Uleiul și grăsimea de pe șosele, excesul de azot și pesticidele din terenurile agricole, metalele grele provenite din exploatări miniere și operațiunile de dezmembrare și sedimentele libere se pot găsi în râu, transportate prin ciclul apei prin scurgere.