Jaguarii negri și jaguarele reperate sunt aceleași specii. Blana întunecată a jaguarelor negre apare din cauza melanismului - o depunere mai mare decât medie a pigmentului negru. Unii jaguari melanziști au pete vizibile, în timp ce alții sunt negri solizi.
Mulți oameni aplică termenul de "panther negru" pentru orice felină mare, neagră. Pantherii negri nu sunt o specie separată, ci mai degrabă o specie existentă care prezintă mutația genetică "melanismul". Melanismul este pur și simplu supraaglomerarea pigmentului întunecat și apare în unele tigri și leoparzi, precum și în jaguari. În majoritatea pisicilor, melanismul este o trăsătură recesivă, adică pisica trebuie să posede două copii ale alelei mutante pentru a prezenta o colorare neagră. În jaguari, cu toate acestea, melanismul este incomplet dominant. Un jaguar cu o singură copie a alelei mutante prezintă o culoare mai închisă decât cea medie, dar nu este la fel de întunecată ca în cazul unui individ cu două copii. În ciuda faptului că este o trăsătură dominantă, melanismul apare în doar 6% din populația jaguară. Există speculații că melanismul este mai frecvent întâlnit la nivel local în regiunile cu păduri mai dense, unde blana închisă oferă o camuflare mai bună.
Unii jaguari negri sunt de fapt pseudo-melanistice; "abundența" este un alt nume pentru această mutație. Mai degrabă decât o creștere a pigmentului negru total, abundența cauzează marcarea să fie excesivă. În unele cazuri, petele sunt atât de abundente încât acestea se întâlnesc împreună, provocând pisica pseudo-melanistică să apară total negru.
