Oamenii Seneca au mai multe credințe și practici religioase tradiționale. Există o credință într-un "Pământ titular" și alte elemente și forțe naturale. Din punct de vedere istoric, oamenii au organizat festivaluri pentru a onora căpșuni și sapă de arțar. De asemenea, au avut o sărbătoare în timpul iernii pentru a mulțumi și a practica iertarea. Oamenii credeau că boala este rezultatul influențelor spirituale, iar șamanii au folosit până la 200 ierburi pentru tratarea și vindecarea bolnavilor.
În vremurile contemporane, mulți oameni din Seneca urmăresc religia Longhouse, catolicismul și alte denominațiuni creștine. Religia Longhouse a început ca o mișcare religioasă numită "Codul Lacului Frumoasă". Lacul frumos este numele unui profet Seneca care a început religia în 1799. Religia combină unele credințe tradiționale Iroquois cu elemente ale Quakerismului și Creștinismului.
Predicatorii din religie recită revelația Lacului Frumos de două ori pe an. Recitația completă durează trei dimineți. Acest lucru are loc înainte de răsăritul soarelui. Predicatorul stă la un șemineu și cântă un cântec de soare pentru vreme bună. În timpul recitației, congregații stau pe bănci, iar femeile își acoperă capul cu șaluri.
Atmosfera seamănă cu o întâlnire creștină. Atmosfera emoțională devine contagioasă și îi determină pe oameni să declare în mod public loialitatea față de religie.
