Un spectrometru de masă este un instrument costisitor care nu poate face distincția între izomerii optici sau geometrici. Se utilizează pentru a analiza masa, formula și structura unui compus, măsurând rapoartele de masă a încărcăturii la masa .
Un spectrometru de masă nu poate face distincția între izomerii geometrici ai unui compus. Izomerii geometrici sunt compuși având aceeași formulă moleculară, dar cu o structură structurală diferită; acestea sunt denumite izomeri cis și trans. De exemplu, luați în considerare compusul organic 1,2-dicloretenă. Un spectrometru de masă nu poate distinge și identifica cei doi izomeri geometrici ai acestui compus, și anume trans-1,2-dicloretenă și cis-1,2-dicloretenă.
Spectrometrele de masă nu pot face distincția între izomerii optici. Izomerii optici sunt imagini de oglindă non-superimposibile unul altuia și sunt denumiți enantiomeri. De exemplu, alanina este un aminoacid care este compus din forme (+) și (-). Enantiomerii reacționează diferit la lumina polarizată plană.
Spectrometrele de masă nu pot distinge între substituenții orto (o-), meta (m-) și para (p-) ai compușilor aromatici. Disubstituirea poate avea loc în trei orientări diferite într-un compus aromatic. 1,2-disubstituit este numit inel orto-aromatic, în timp ce 1,4-disubstituit este denumit inel para para-aromatic. 1,3-disubstituit este denumit inel meta aromatic.Spectrometrele de masă nu reușesc să identifice ioni fragmentați asemănători în hidrocarburi. Procesul de ionizare produce uneori prea mult fragmentare, deci nu putem determina dacă cel mai mare ion de masă este un ion molecular de hidrocarburi.
