HPLC, cromatografia lichidelor de înaltă performanță, are foarte puține dezavantaje, dar cele câteva sunt sensibilitate scăzută, dificultăți de curățare și dispozitivele sunt foarte scumpe. Funcția, utilizarea și precizia unui dispozitiv HPLC este foarte asemănătoare cu o GC sau cromatografie în fază gazoasă.
Probele utilizate într-o mașină de cromatografie lichidă de înaltă performanță sunt de obicei mai mari decât cele ale unei mașini de cromatografie cu gaz. În ciuda numărului de dezavantaje pe care le are, există și numeroase avantaje. Dispozitivele sunt mai precise decât alte dispozitive și pot analiza o gamă mai largă de compuși, deși dispozitivul GC se poate descurca mai bine cu amestecuri mai complexe decât dispozitivele HPLC.
