Unul dintre cele mai mari dezavantaje ale energiei hidroelectrice este perturbarea majoră care provoacă un râu pentru oamenii, animalele și habitatul înconjurător. O altă problemă este că barajele și centralele hidroelectrice iau mulți ani pentru a construi și sunt incredibil de costisitoare, deși au costuri minime odată finalizate. Apa trebuie să fie abundentă în zonă, iar standardele de întreținere trebuie să fie stricte.
Capacitatea unei centrale hidroelectrice de a crea energie electrică depinde în întregime de debitul de apă, deci necesită o locație cu precipitații regulate. Dacă ploaia suficientă nu scade în fiecare an pentru a umple continuu rezervorul creat de baraj, centrala hidroelectrică nu poate genera continuu electricitate.Atunci când o zonă este inundată după construirea unui baraj, copacii și alte plante din această zonă mor rapid și încep să se descompună. Când se întâmplă acest lucru, metanul și dioxidul de carbon sunt eliberate în rezervor și, eventual, în atmosferă. Barajul produce, de asemenea, o altă problemă atunci când apa preia azotul care curge prin el, ceea ce poate fi toxic pentru pești și duce la moartea populațiilor marine.
Barajele prezintă, de asemenea, un risc major dacă se rup sau sunt distruse, ceea ce ar trimite un zid masiv de apă și ar distruge orice în aval.
