pH-ul intestinului subțire crește de la pH 6 în duoden până la pH 7,4 la capătul distal al intestinului subțire în ileonul terminal. pH-ul scade până la pH 5,7 în cecum dar crește la pH 6,7 în rect.
Cea mai acidă parte a tractului gastrointestinal uman este stomacul, care este în general cuprins între pH 1 și pH 3. Aciditatea ridicată în stomac luptă împotriva bacteriilor care sunt ingerate cu alimente. Pe măsură ce distanța crește de la stomac, nivelul pH crește treptat. In intestinul gros, pH-ul este de 5,5 până la pH 7.