Un dezavantaj al chimiei verzi este că trecerea de la un produs sau proces vechi la unul nou necesită timp. O reproiectare a noului proces sau a produsului este adesea dificilă și lipsa unității pe ceea ce este considerat mai sigur.
Un alt domeniu de îngrijorare cu chimia verde sau durabilă înlocuiește pesticidele tradiționale sau substanțele chimice utilizate în agricultură cu biopesticide, care sunt pesticide derivate din materiale naturale, cum ar fi plantele și animalele. Cu toate acestea, procesul este lent, deoarece pe o scară largă, costurile de producție sunt ridicate.
Chimia verde promovează proiectarea produselor chimice și a proceselor care reduc producția de substanțe periculoase.
