Bacteriile sunt, de regulă, organisme cu un singur celular numite procariote care pot servi ca agenți digestivi, provoacă boală sau ajută la descompunere. Spre deosebire de eucariote, nu au nuclee. Bacteriile conțin ADN-ul lor și alte materiale genetice ca un singur fir în citoplasma lor și se reproduc printr-un proces numit fisiune binară.
Bacteriile se pot dezvolta în medii calde și reci. Psihrofilii sunt bacterii care preferă medii mai reci, în timp ce termofilele se dezvoltă în medii fierbinți. Termofilele extreme pot trăi în jurul fantele hidrotermale extrem de calde pe podeaua oceanului.
Bacteriile care trăiesc în sistemul digestiv al organismului pot ajuta la descompunerea materialului alimentar dur pentru o digestie mai ușoară. Aceste tipuri de bacterii servesc de asemenea un rol esențial ca descompunere a deșeurilor.