Principalele caracteristici fizice ale Japoniei sunt lanțurile muntoase, vulcanii și pădurile grele. Țara are câteva câmpii care se găsesc în mare parte în jurul coastei, un număr mic de lacuri și câteva râuri scurte.
Aproximativ 80% din Japonia este montană, cu vulcani inactivi și activi. Alpii japonezi, care se află pe insula Honshu, sunt munți enormi care au o înălțime cuprinsă între 8 000 și 10 500 de picioare. Cel mai înalt munte din Japonia este situat în apropiere de Tokyo. Acest con vulcanic, numit Fujiyama, ajunge la 12.389 metri înălțime. Vulcanii sunt o caracteristică importantă a Japoniei. Există 192 de vulcani pe insulele care alcătuiesc Japonia, dintre care doar 50 sunt considerate active.
O altă trăsătură fizică proeminentă este Câmpia Kanto. Deși numai 20% din Japonia este plat, câmpia Kanto este mare. Aici se află Tokyo. Câteva câmpii sunt importante, pentru că aici locuiește majoritatea populației și unde au loc fermele și producția.
Deși există puține lacuri, cel mai mare este Lacul Biwa. Se află pe Honshu și are 265 de kilometri pătrați. Un alt corp important de apă este Marea Mediterană, care se află între trei dintre insulele Japoniei: Shikoku, Kyushu și Honshu. Există multe râuri în Japonia, dar niciuna nu poate fi navigată cu barca. Cu toate acestea, aceste râuri sunt importante surse de irigare și energie hidroelectrică. Cel mai lung râu este Shinano și călătorește 230 de mile.
