Japonia conține astfel de vegetație ca mlaștini de mangrove, păduri subtropicale, păduri de pădure, păduri nordice, pomi de flori, plante alpine și plante forestiere. Pădurile subtropicale se găsesc în sud, iar pădurile cu brad, pin și molid sunt situate în nord.
Japonia are 7 000 de plante indigene sub formă de ferigi și plante pe bază de semințe. Pădurile nordice ale Japoniei se găsesc în Hokkaido. Plantele alpine cresc în părțile superioare ale Shikoku și Honshu.O formă notabilă de vegetație japoneză este cireșul, iar florile sunt un simbol național al Japoniei. Japonia are o mare varietate de flori de cireșe, dar varietatea Somei Yoshino este cea mai populară, constând în petale albe cu un indiciu de roz. Yaezakura înflorește flori mari cu petale vibrante și roz, iar cireșele plângând poartă și flori roz.
Viburnum furcatum este o plantă de pădure care se dezvoltă bine în sol umed și fără var și se adaptează în condiții climatice mai reci. Aceste arbuști cresc în zone umede, iar florile apar în luna mai. Insectele trebuie să polenizeze fiecare floare pentru ca semințele să apară în luna octombrie.
Hakonechloa macra este un tip de iarbă pădure care se găsește de obicei în munți. Această plantă se bucură de zone umbroase și preferă să crească pe teren umed și stâncos. Frunzele au un efect de draperie, iar iarba conține lăstari mici, asemănătoare cu bambusul.
