Ciupercile sunt descompunerea vitala a ecosistemului, descompunand organismele moarte si deseurile biologice, eliberand nutrientii pentru a fi folositi de alte organisme si eliminandu-si ramasitele. Ciupercile actioneaza in parteneriat cu unele plante si alge, și sunt deseori vitale pentru supraviețuirea acestor organisme. Unele specii sunt paraziți.
Ciupercile primesc energie și nutriție din mediul lor și nu sunt capabile să producă alimente pentru ei înșiși, așa cum fac plantele. Ciupercile cresc ca mase de structuri asemănătoare firului, cunoscute sub numele de hifele. Acestea au o suprafață foarte mare pentru volumul lor și permit ca ciupercile să absoarbă ușor nutrienții. Acestea sunt, în general, îngropate adânc în sol și în organisme de degradare, cum ar fi lemnul putrezitor. Mijloacele parazitare au hife specializate pentru a penetra organismele vii, de obicei plantele.
Ciupercile in relatiile reciproce cu algele se numesc licheni. Asociațiile dintre speciile fungice și speciile de alge sunt adesea atât de complete încât fiecare tip este dat un nume de specie în ansamblu, în ciuda faptului că conține două organisme diferite. Datorită acestei asociații, lichenii pot supraviețui acolo unde nici un alt organism fotosintetic nu poate fi, și sunt o sursă de hrană vitală în unele medii foarte reci. Alte ciuperci cresc în asociere cu rădăcinile plantelor, unde furnizează elemente nutritive vitale în schimbul zaharurilor și aminoacizilor. Se estimează că 90% din plantele vasculare au asociate specii de ciuperci în relații reciproce cu ele.
