J.J. Modelul atomic atomic al lui Thomson a fost numit modelul Atomic Plum Pudding și sa bazat pe ideea că electronii sunt particule încărcate negativ împrăștiate prin atomul încărcat pozitiv. În timp ce Thomson avea dreptate cu privire la existența electronilor, pe unde se află în interiorul atomului.
Thomson a comparat modul în care electronii sunt împrăștiați pe tot atomul în stafidele unei budinci de prune. Această teorie a sugerat că încărcăturile negative și pozitive din atom au existat în aceeași sferă de existență, dar până în 1911 a fost descoperită locația nucleului care găzduia aceste acuzații. Omul care a descoperit nucleul, Ernest Rutherford, a fost un student al lui Thomson la un moment dat și încerca de fapt teoria lui Thomson când și-a făcut propria descoperire: mai degrabă decât să fie împrăștiate pe tot atomul, electronii orbitează un nucleu încărcat pozitiv. Odată ce Rutherford a descoperit că particulele din folie au fost capabile să deflectă particulele H2 + în 1911, modelul de prune de prune a fost pus deoparte pentru modelul lui Rutherford. Thomson și-a abandonat modelul propriu pentru a susține modelul lui Rutherford.
De-a lungul carierei lui Thomson, el a ocupat o serie de poziții distincte datorită descoperirilor sale. În 1908, familia regală britanică a primit o călugăriță, în plus față de un premiu Nobel în 1906. Chiar dacă teoria lui Thomson despre prunele prunelor a fost respinsă, multe dintre elementele descoperirilor sale, cum ar fi electronii, au fost cheia pentru găsirea și construirea modelului utilizate în prezent.