Universitatea din Mansoura explică faptul că produsele finale ale digestiei proteinelor în intestinul subțire sunt aminoacizi. Aminoacizii sunt apoi absorbiți în sânge prin pereții intestinului cu ajutorul proteinelor purtătoare sau alte mecanisme. Această digestie este la sfârșitul unui proces cu mai multe etape, în timpul căruia proteinele sunt denaturate și în mod progresiv rupte în peptidele lor constitutive printr-o secvență de enzime.
Universitatea din Mansoura afirmă că primul pas chimic spre digestia proteinelor are loc în stomac. Stomacul este primul organ care stochează alimente solide, pe care eliberează sucul gastric, un amestec de acid clorhidric și enzime. Acidul începe procesul de denaturare, care este defalcarea plierii secundare și terțiare a proteinelor. De asemenea, activează pepsina, o enzimă importantă care atacă proteinele. În mod specific, pepsina descompune legătura peptidică în aminoacizii aromatici. Până când proteinele părăsesc stomacul, ele sunt rupte în polipeptide mari și alți compuși, cum ar fi proteoze și peptone.
O dată în intestinul subțire, se eliberează sucuri pancreatice și intestinale care conțin mai multe enzime. Universitatea Mansoura explică faptul că fiecare enzimă din sucul pancreatic acționează asupra unei categorii diferite de aminoacizi și fiecare enzimă din sucul intestinal acționează asupra unor polipeptide de diferite lungimi.