Celulele eucariote diferă de celulele procariote în mai multe moduri, în special în mărime, complexitate și comportament de cooperare. Diviziunea dintre eucariote și prokariote este cea mai profundă diviziune din natură, cu două domenii de viață clasificate ca procariotice și doar un singur grup de eucariote.
Toate celulele animale, plante, fungice și contrast sunt eucariote. Materialul lor genetic este conținut într-un nucleu discret și are organele identificabile și alte structuri în citoplasma lor. De asemenea, eucariotele tind să fie de multe ori mai mari decât procariotele. Celulele procariote lipsesc nucleul și organele, iar materialul lor genetic constă dintr-un singur cromozom în formă de inel, mai degrabă decât cromozomii liniari multiple ale eucariotei. Celulele procariotice nu dispun de proteine de transport și alte structuri utile pentru semnalizare.
În comportament, cele două tipuri de celule sunt foarte diferite. Organismele procariote reproduc printr-un proces cunoscut sub numele de conjugare, prin care două celule pur și simplu trec reciproc unele material genetic care plutește liber în celulă. Organismele eucariote se reproduc prin meioza, care este o formă mult mai complicată de diviziune celulară care separă întreaga componentă a ADN-ului și trece jumătate din ea la descendenți.
O altă diferență majoră între cele două tipuri este gradul în care acestea lucrează împreună. În timp ce unii procarioti trăiesc în comun, numai eucariotele au evoluat într-adevăr multicelular. Toate organismele mari de pe Pământ sunt eucariote și toate sunt mai strâns legate una de cealaltă decât una de la prokaryote.
