Diferența principală dintre un ninja și un samurai este că un ninja este calificat în ninjutsu și un samurai practică bushido. Ninjutsu este arta stealth și sabotajul dezvoltat pentru spionaj. Bushido este un cod de onoare și de morală.
Folclorul japonez sugerează că ninja a coborât dintr-un demon. Cercetătorii cred că ninjutsu sa dezvoltat cândva în jurul secolului al șaselea, în opoziție cu samuraii feudali timpurii. Ninjutsu a fost un amestec de tactici indo-chineze și japoneze dezvoltate de un samurai denunțat și de un călugăr chinez. Ninjutsu a ignorat codul bushido și a evaluat acțiunea ascunsă.
Războinicii timpurii ai samuraiului au sprijinit proprietarii bogați de proprietăți ale Japoniei feudale. Până în secolul al XII-lea, samuraii câștiga controlul militar și politic. Ca urmare a războiului din Gempei în 1185, samuraii au înființat Shogunatul Kamakura ca dictatură militară. Dictatura a durat până în secolul al XIX-lea.
Ninja ar putea proveni de la clasa superioară ca samurai dezgustați sau din clasa inferioară ca fii ai fermierilor sau sătenilor. Ninjii se clasează de la ninja obișnuită, genin, la intermediar, la chinin, la om înalt, sau la jonin. Declinul samuraiului a avut loc după introducerea culturii occidentale în Japonia la mijlocul secolului al XIX-lea. Legiuitorul japonez a abolit feudalismul în 1871, dar codul bushido a fost evident în cultura japoneză prin cel de-al doilea război mondial.
