Alimentele ecologice sunt cultivate folosind metode tradiționale de creștere care promovează sănătatea mediului și fără îngrășăminte chimice, pesticide și procesare industrială și organisme modificate genetic sunt plante sau animale care au fost modificate prin tehnici de inginerie genetică pentru a modifica direct ADN-ul organismului . În timp ce OMG-urile pot fi cultivate folosind tehnici organice, modificarea genetică face ca plantele să nu fie eligibile pentru eticheta ecologică.
Deși organismele și OMG-urile sunt dezbătute în industria alimentară și sănătății, definirea reală a fiecăruia depinde de țara care impune clasificarea. Etichetele ecologice necesită, în general, un anumit tip de certificare conform căreia produsul în cauză nu utilizează niciun fel de aditivi sintetici, dar condițiile reale ale producției pot varia foarte mult în rândul producătorilor. Ca regulă, totuși, produsele ecologice nu pot conține niciun fel de organisme modificate genetic.
Organismele modificate genetic sunt un focar de controversă datorită refacerii nenaturale a genelor vegetale și animale. Susținătorii tehnologiei indică culturi cum ar fi orezul de aur, care au fost modificate pentru a furniza substanțe nutritive vitale populațiilor înfometați. Oponenții indică potențialul pentru reacții alergice încrucișate, precum și efectele economice ale abilității de brevetare a organismelor vii, care îi obligă pe agricultori să plătească taxe de acordare a licențelor pentru cultivarea culturilor.