Microflora indigenă este definită ca o comunitate de microorganisme care trăiesc pe sau în alt organism viu sau într-un anumit mediu. Aceste microorganisme includ bacterii, alge și ciuperci.
Țesutul de animale sănătoase, cum ar fi sângele și mușchiul, este în mod normal lipsit de microorganisme, dar există multe locuri pe și în interiorul corpului sănătos în care microorganismele sunt prezente întotdeauna, inclusiv pielea, membranele mucoasei și intestinul tractului. Această floră normală, numită și "microbiota indigenă", nu are în general caracter patogen și, în majoritatea cazurilor, oferă beneficii gazdei. În cea mai mare parte, relația dintre gazdă și flora sa poate fi descrisă ca fiind "mutualistă". În timp ce gazda furnizează bacteriilor o cantitate constantă de nutrienți și o protecție împotriva mediului, bacteriile ajută procesele digestive ale gazdei și ajută la protejarea gazdei de a fi infectate cu microbi patogeni.
Microbii care locuiesc în corpul uman sanatos mediu reprezintă un număr mare de celule. Corpul uman este alcatuit din aproximativ 10 trilioane de celule, dar conform revistei Discover, numarul de celule bacteriene pe care organismul il joaca gazduieste este mai aproape de 100 de bilioane sau de zece ori mai multi. Cu toate acestea, deoarece celulele bacteriene sunt atât de mici, întreaga populație microbiană ar umple doar o cană de jumătate de galon.
