Clasificarea celor 28.000 de specii de pești vii variază de la un la altul; totuși, toate fac parte din Împărăția Animalelor, Chordata și Subfileul Vertebrata. În acest subfislu, patru clase diferite conțin pești, inclusiv Myxini, Cephalspidmomorphi, Chondrichthyes și Osteichthyes. Aceste patru clase sunt împărțite în mai multe familii, genuri, specii și subspecii.
Mxyini și Cephalspidomorphi sunt compuse din hagfish primitiv și, respectiv, lampreys. Aceste pești lipsesc de fălci și se crede că sunt descendenți ai unora dintre cele mai vechi pești. Clasa Chondrichthyes este formată din rechini, raze și aliații lor. Aceste pești nu au schelete osoase și în schimb prezintă schelete cartilaginoase. În cele din urmă, Osteichthyes sunt reprezentate de pești osoși. Cele mai comune, cunoscute pești, cum ar fi păstrăvul, bassul și bibanul, sunt membri ai peștilor osoși.
În timp ce este puțin probabil ca clasificarea științifică a grupărilor mari să se schimbe și este susținută de un număr semnificativ de dovezi, multe aspecte ale taxonomiei peștilor sunt destinate să se schimbe în viitorul apropiat. Multe grupuri de pești sunt foarte puțin înțelese și pot fi cunoscute numai din câteva exemplare. Acest lucru poate face dificilă plasarea lor în locul potrivit în arborele genealogic al peștilor.
