John Hagee și-a divorțat prima soție, Martha Downing, în 1975. John și Martha s-au căsătorit în 1960, iar cuplul avea doi copii, Christopher și Tish.
John Hagee a fost fondatorul și pastorul senior al Bisericii Trinity. Vestea divorțului său iminent a surprins congregația sa. Martha a câștigat custodia celor doi copii în divorț În 1975, după divorț, Hagee a format o nouă biserică, Biserica Cornerstone. După înființarea noii biserici, Hagee sa căsătorit cu Diana Castro și împreună au avut trei copii: Christina, Mathew și Sandy. Hagee a continuat să aibă 13 nepoți.
Unii susțin că Hagee avea o aventură extramaritală cu Diana Castro, care fusese membru al fostei congregații a bisericii sale. Hagee ar fi scris o scrisoare bisericii sale admițând imoralitatea lui.
