Ca toate insectele, muștele au creier. Creierul lor constă din protocerebrum, deutocerebrum și tritocerebrum. Protocerebrum-ul zbura controlează ochii compuși și ocelii, care sunt un trio de ochi simpli aflați între ochii compușii. Ocelli ajută navigația.
Deutocerebrum controlează antenele animalelor, iar tritocerebrum controlează o parte din piesele gurii. Tritocerebrum permite de asemenea creierului să comunice cu restul sistemului nervos central al muștei.
Alte legături de nervi, sub creierul acoperișului, controlează celelalte gâturi, aripile și mușchii de zbor, precum și organele digestive, reproductive și senzoriale.
