Limestonul provine din acumularea de resturi organice de cochilii, materii fecale, alge și corali sau din depunerile de carbonat de calciu dizolvate pe fundul mării. Este produs în principal din carbonat de calciu sub formă de minerale, calcit. Calcarul se formează, în general, în medii marine curate, calde și superficiale.
Calcarele se formează uneori în apă dulce și, de asemenea, se formează în peșteri prin evaporare. Când se evaporează apa, orice carbonat de calciu dizolvat în acesta este depozitat în locație. Dacă apa se evaporă pe tavanul unei peșteri, se formează treptat stalactiți, în timp ce se formează stalagmite dacă se cade la pământ.