Electroforeza este importantă deoarece este utilizată pentru separarea macromoleculelor, cum ar fi ADN, ARN și proteine. Gelurile care sunt fabricate din poliacrilamidă sunt utilizate în mod obișnuit pentru a separa ADN și proteine pe baza dimensiunilor lor diferite. Proteinele sunt separate, de asemenea, pe baza încărcărilor lor diferite.
Când se utilizează electroforeza, cunoscută și sub numele de electroforeză în gel, pentru a separa moleculele ADN, o soluție a moleculelor este plasată în interiorul unui gel. Moleculele ADN încărcate negativ sunt trase prin gel printr-un câmp electric. Moleculele ADN care sunt mici se deplasează prin gel mai repede decât moleculele ADN mari. Mișcarea moleculelor prin gel creează o serie de benzi. Fiecare bandă este separată în molecule de ADN care au o anumită dimensiune. Benzile care se află cel mai îndepărtat de la începutul gelului conțin cele mai mici fragmente de ADN, în timp ce cele mai apropiate de începutul gelului conțin cele mai mari fragmente de ADN.
Electroforeza este utilizată pentru a separa fragmentele ADN pentru a obține o amprentă de ADN în scopuri criminalistice, testarea paternității, verificarea reacțiilor PCR și pentru a căuta relații evolutive între organisme. Procesul este, de asemenea, utilizat pentru a testa și localiza genele asociate cu o boală specifică și pentru a face distincția între eșantioanele de material genetic.