Ciupercile se reproduc în două moduri: asexuat prin mitoză sau sexual prin meioză. Reproducerea sexuală se produce mult mai puțin frecvent decât producția asexuală și, de obicei, numai atunci când este necesar să se adapteze la schimbările de mediu. >
Reproducerea asexuală are loc prin spori vegetativi, prin fragmentarea miceliilor sau prin înmugurire.
Reproducerea vegetativă apare atunci când o singură celulă haploidă produce milioane de spori prin mitoză care sunt genetic identice cu celula originală. Acești spori sunt incubați într-o structură numită sporangiu și sunt dispersați printr-o varietate de mijloace, cum ar fi transportul prin vânt, blocarea pe alte organisme și chiar plutirea în apă. Odată ce aceste spori își găsesc un mediu viabil, ele încep să crească și să se reproducă.Fragmentarea mieliană apare atunci când ciuperca cedează în multe fragmente separate, fiecare dintre acestea crescând într-un organism nou care este genetic identic cu originalul.
Spre deosebire de cele mai multe ciuperci, drojdia folosește o altă metodă de reproducere asexuală cunoscută sub numele de înflorire, în care se formează un puț și se strânge din celula originală.
Datorită nevoii de adaptare la mediile noi, majoritatea ciupercilor au capacitatea de a reproduce sexual, prin meioze. Acest proces implică două tulpini diferite de celule haploide fuzionate împreună pentru a crea un spori diploid, cunoscut ca un zigospor. Descendenții care rezultă conțin caracteristici genetice ale ambilor părinți.