Cel mai frecvent efect al poluării apei asupra oamenilor este boala. Apa potabila contaminata cu microorganisme purtatoare de boli, cunoscute si ca agenti patogeni, cauzeaza diverse afectiuni legate de apa, cum ar fi tifoida, dizenteria, hepatita si holera.
Poluanții chimici, depozitele de deșeuri industriale și deșeurile toxice pot cauza probleme de sănătate pe termen lung oamenilor, în special atunci când acestea contaminează peștii. Organismele acvatice, cum ar fi peștele, pot consuma în mod accidental substanțe toxice, ceea ce duce la transferul toxinelor în corpul uman.
Conditiile de sanatate care pot rezulta din apa potabila cu substante chimice sau de deseuri toxice includ esecul organelor, deformarile fizice si chiar moartea.
Prezenta bacteriei Escherichia coli, cunoscută în mod obișnuit sub numele de E. coli, într-o sursă de apă este o indicație a prezenței reziduurilor umane sau animale în apă. Această bacterie este un tip de bacterii coliforme fecale găsite în intestinele oamenilor și animalelor. Apa potabilă care conține bacterii E. coli poate provoca diaree, crampe abdominale, dureri de cap și greață. Copiii mici și persoanele în vârstă pot fi mai susceptibile la efectele adverse ale E. coli, deoarece sistemul lor imunitar este delicat. Apa poluată este, de asemenea, un teren de reproducere pentru țânțarii. Mostele de țânțari pot afecta sănătatea umană și pot cauza boli, cum ar fi malaria și dengue.