Metalele grele toxice sunt un tip de poluare care afectează lacurile și râurile. Adesea, metalele grele provin din procese industriale, cum ar fi fabricile de oțel care au înconjurat odată multe dintre marile Lacuri. Aceste materiale sunt toxice pentru pești și crustacee, dar au potențialul de a afecta restul lanțului alimentar, inclusiv animalele care trăiesc pe uscat, precum și cele din apă.
Bacteriile și alți poluanți din apele reziduale afectează sănătatea organismelor care trăiesc în apă, precum și cei care o beau. Apa curată de apă este o problemă pentru multe animale.
Fără poluare, lacurile naturale mari conțin puține substanțe nutritive pentru plante, iar temperaturile lor rămân misto pe tot parcursul anului. Ele dizolvă lent mineralele din sol și distrug materia vegetală necesară pentru a susține o viață adecvată a plantelor pentru lanțul alimentar. Poluarea crește nutrienții din plante în apă, în timp ce deșeurile industriale își măresc temperatura. Pe măsură ce crește greșit tipul de creștere a plantelor, cantitatea de oxigen scade. În timp ce îmbunătățesc condițiile pentru anumite specii, poluarea afectează echilibrul natural și frumusețea corpurilor de apă, precum și a mediului.