Ratele de difuzie depind de dimensiunile moleculare, deoarece moleculele mai mari difuzează mai lent decât moleculele mai mici. Dimensiunile particulelor implicate în difuzie sunt importante deoarece se leagă strâns de conceptele de căldură și energie din contextul difuziei. Este nevoie de mai multă energie și căldură pentru a muta un obiect mai mare decât unul mai mic, astfel încât particulele mai mari necesită mai multă căldură din mediul înconjurător.
Difuzia se bazează foarte mult pe energie și mișcare. În orice mediu dat, există mai mulți factori care influențează mobilitatea unei molecule: dimensiunea moleculei, viscozitatea mediului înconjurător, interacțiunile dintre macromolecule și tipul specific de transport utilizat de moleculă. Deoarece difuzia se bazează pe mișcare și mișcare se bazează pe dimensiunea moleculei, există o relație directă între dimensiunea moleculară și rata de difuzie.
Moleculele mai mari necesită cantități mai mari de energie pentru a se angaja în același nivel de activitate ca moleculele mai mici. Dacă nu există suficientă energie pentru a muta o moleculă mai mare, aceasta rezistă efectelor difuziei și nu poate să se deplaseze de la o zonă la alta. Creșterea căldurii de mediu sau a altor factori străini are, de asemenea, un impact asupra energiei implicate în procesul de difuzie și a ratei la care difuzează o moleculă mare.