Medicul Andrew Weil recomandă începerea tratamentului probiotic în același timp cu inițierea unei prescripții antibiotice. Probioticele pot fi administrate cu alimente la micul dejun și cină și nu trebuie întrerupte până la câteva zile după ce runda de antibiotice este completă. Weil recomandă utilizarea mărcilor care conțin miliarde de unități care formează colonii, precum și tulpinile de Bacillus coagulans (BC-30) sau Lactobacillus GG.
NowFoods subliniază importanța protejării integrității culturilor de bacterii vii, urmând instrucțiunile de depozitare recomandate de producător. Probioticele lichide trebuie păstrate în frigider pentru a le menține proaspete și se recomandă ca capsulele și tabletele să fie tratate în același mod. Dacă acest lucru nu este posibil, capsulele și comprimatele trebuie depozitate într-o locație rece și uscată, departe de căldură și umiditate. Probioticele sunt adesea comercializate cu pachete de prospețime pentru a gestiona expunerea lor la efecte dăunătoare mediului. Eficacitatea acestor suplimente scade încet, cu o rată de aproximativ 5 procente în fiecare lună, pe parcursul mai multor luni, până când acestea sunt în cele din urmă făcute inutile. Depozitarea probioticelor în frigider ajută la încetinirea ratei de declin și la prelungirea eficacității acestora. Din acest motiv, Weil îi sfătuiește pe oameni să rămână conștienți de data de expirare pe probiotice și să le înlocuiască dacă această dată expiră.
