Aligatorul se adaptează mediului înconjurător, bazându-se pe pielea camuflată, pe poziția ochilor și nărilor, pe capacitatea urechilor de a se închide și pe organele sale specializate. Ambele plămâni și inima ale aligatorului adaptate perioadelor lungi petrecute în apă.
Una dintre adaptările aligatorului pentru mediul său constă în plămânii și inima specializată, care îi permit să rămână în siguranță în apă. Plămânii sunt păstrați de o structură care împiedică intrarea apei în ei, chiar dacă gura este deschisă. Inima poate separa sângele oxigenat și deoxigenat și trimite sânge bogat în oxigen la creier, astfel încât aligatorul să poată rămâne sub apă pentru perioade lungi de timp.
Ochii, nasul și urechile aligatorului sunt, de asemenea, adaptate mediului său apos. Atât nările sale, cât și ochii sunt situate în partea superioară a capului, astfel încât să rămână aproape complet scufundate și încă să respire prin nări. Când ochii sunt scufundați, o membrană le protejează și permite aligatorului să vadă.
O altă adaptare este ascunzătorul aligatorului. Culoarea gri, butoanele și loviturile de pe corp îi permit să se amestece cu împrejurimile sale, adesea dând aligatorului aspectul unui jurnal și permițându-i să se strecoare pe pradă.
