Ploaia acidă cu un pH de 1,0 și mai mic afectează germinarea semințelor prin întârzierea procesului de germinare. Unele semințe sunt mai rezistente la efectul ploii acide decât altele.
Ploaia acide este dăunătoare plantelor prin toate stadiile de creștere. Rata de germinare, viteza de germinare, lungimea rădăcinii și multe alte măsuri de creștere sunt afectate negativ de ploaia acidă. Ploaia acidă crește cantitatea de toxine din sol și din atmosfera din jur. Plumbul liber, aluminiul, cuprul și alte metale toxice sunt mai răspândite în sol cu prezența ploii acide. Ploaia acide reduce de asemenea echilibrul pH-ului solului, ceea ce afectează populația de microorganisme care descompun materialul organic. Deoarece acest proces este necesar pentru eliberarea substanțelor nutritive în sol, rezultă mai puține substanțe nutritive pentru creșterea plantei. În plus, ploaia acută provoacă deteriorarea stratului de protecție ceros pe frunze. Când stratul de protecție este deteriorat, se pierde umezeală valoroasă. Acidul înlocuiește o parte din apa din plantă, dăunând capacității plantei de a face fotosinteza în mod eficient. Deteriorarea stratului de ceară de pe frunzele plantei cauzate de ploaia acidă face de asemenea o plantă mai sensibilă la vremea rece.
