Primul experiment științific care a indicat existența atomilor a fost efectuat de John Dalton în anii 1800. Aceste experimente timpurii nu au dat informații cu privire la structura atomului. Structura atomilor a fost explicată mai întâi prin descoperirea electronilor în 1897 de către fizicianul J. J. Thompson.
Ideea filosofică a unui atom a fost dezvoltată de filozoful grec Democritus în 460 B.C. Ideea unui atom a fost rezultatul unei întrebări referitoare la limitele împărțirii materiei. Această idee a fost mai târziu respinsă de Aristotel și, prin urmare, nu a dat nici un merit filosofilor sau persoanelor fizice grecești.