La nivel individual, animalele hibride au uneori probleme legate de reproducere, sănătate sau comportament datorită geneticii lor. Hibrizii ecologiști pot bloca liniile speciilor și prezintă probleme de conservare.
Un hibrid este descendența părinților din două specii sau subspecii distincte. Multe specii, din cauza diferențelor genetice sau comportamentale, nu pot sau nu se pot încrucișa pentru a produce descendenți viabili. Cu toate acestea, în unele cazuri, două specii sunt destul de similare din punct de vedere genetic pentru a crea descendenți hibrizi. Unii hibrizi, precum mules, sunt sterili. Mules rezultă dintr-o cruce între un cal feminin și un măgar mascul. În timp ce mulele în sine pot ajunge la maturitate sănătoasă, de obicei nu sunt capabile să producă propriile gamete și nu se reproduc.
Un liger este un hibrid între un tigru de sex feminin și un leu de sex masculin și este adesea mai mare decât oricare dintre părinți. Ligrii sunt predispuși la probleme de sănătate și defecte de naștere, iar mulți nu supraviețuiesc până la maturitate. Este, de asemenea, dificil pentru tigru să dea naștere la puii ei hibrizi; dimensiunea lor mare poate necesita o secțiune C pentru mamă.
Animalele hibride pot prezenta un comportament imprevizibil. Un exemplu celebru este hibridul lup, care este o cruce între un câine domestic și un lup. Câteva lucrări evaluate de colegi au fost scrise pe tema comportamentului hibrid al lupilor, iar animalele sunt înconjurate de o mare controversă. Unii proprietari susțin că hibrizii lor sunt animale blânde și timide, în timp ce alte anecdote indică faptul că hibrizii lupilor sunt imprevizibili și periculos de agresivi. Unele probleme apar datorită faptului că câinii au fost domesticiți de 15.000-30.000 de ani și, în acel moment, au fost crescuți selectiv pentru modele de comportament specifice care sunt benefice proprietarilor. Genetica conflictuală a unei cruci de câini lupi duce la imprevizibilitate. Wolf hibrizi sunt, de asemenea, susceptibile de a vedea proprietarii lor ca pachet lor, și de îngrijire trebuie să fie luate din partea proprietarului să se afirme ca membru al pachetului dominant.O problemă mai mare a hibridării provine de la hibrizi sălbatici. Unele specii de păsări acvatice sălbatice, de exemplu, se pot interconecta ușor cu omologii lor interni. Acest lucru poate afecta apele genetice ale unei specii, în unele cazuri în măsura în care o specie este în pericol de dispariție prin hibridizare. Această problemă nu se limitează în niciun caz la păsările de apă. Scotch-ul scoțian este în pericol de dispariție din cauza hibridării cu pisici domestice sălbatice.
