Unele dintre dezavantajele ingineriei genetice sunt riscurile pentru sănătate, impactul asupra mediului, impactul asupra agriculturii și industriei și problemele etice care pot apărea pe baza ingineriei. Dezavantajele diferă în funcție de tipul de inginerie genetică care are loc. Ingineria genetică a agriculturii are mai multe șanse de a afecta sănătatea, iar ingineria animalelor are mai multe șanse de a afecta mediul.
Principalul dezavantaj al ingineriei genetice este riscul pe care îl reprezintă pentru sănătate. Unii detractori susțin că culturile modificate genetic nu sunt în mod inerent nesigure, dar acest lucru nu poate fi verificat cu adevărat deoarece multe date despre impactul asupra sănătății sunt controlate de industria de inginerie genetică. Ce știu oamenii de știință este că există pericole pentru sănătate. În 1996, în Brazilia și în 1990 în America, s-au înregistrat cazuri de alimente modificate care provoacă reacții alergice, trecerea bolilor și chiar moartea.
Un alt dezavantaj al ingineriei genetice este problemele pe care le provoacă mediul înconjurător. Culturile cultivate pot deveni toxice pentru fauna sălbatică care necesită hrană pentru a supraviețui, iar ingineria a creat, de asemenea, tipuri de buruieni rezistente la pesticide. Aceste noi "buruieni super" pot sufoca culturi și distruge agricultura și habitatele.
Anumite aspecte etice sunt aduse de ingineria genetică. Cercetătorii, politicienii și oamenii de știință au dezbătut utilizarea ingineriei pentru a îmbunătăți oamenii, animalele și plantele. Organizații precum Greenpeace se opun vehement folosirii ingineriei genetice, potrivit site-ului Greenpeace, iar alții consideră că ingineria genetică este cheia pentru a face alimente mai sigure și mai abundente, precum și oameni și animale mai sănătoase.
