Enzimele de protează descompun proteinele în peptide, în timp ce enzimele peptidazice descompun niște bucăți mai mici de proteine în aminoacizi. Pepsinogenul este secretat de glandele gastrice în stomac, care este un mediu foarte acid după o persoana mănâncă.
Aciditatea provoacă activarea pepsinogenului, descompunând proteinele ca enzima pepsină. Alte enzime, cum ar fi chymotripsina, tripsina și carboxiperitiaza, ajută de asemenea la digestia proteinelor. Proteazele și petidazele sunt, de asemenea, utilizate în unele detergenți pentru a descompune petele organice. Inhibitorii de protează sunt utilizați pentru a ajuta pacienții cu virusul SIDA, deoarece virusul folosește proteaze pe măsură ce reproduce.